Układ immunologiczny ma na celu ochronę organizmu przed wieloma chorobami, poprzez identyfikację i likwidowanie patogenów i komórek nowotworowych.

Wykrywane są różnorakie odmiany zakaźnych czynników chorobotwórczych: wirusy, bakterie, grzyby, pierwotniaki i robaki pasożytnicze. Musi więc posiadać umiejętność rozróżniania zdrowych komórek i tkanek organizmu (self), od szkodliwych patogenów (non-self). Wykrywanie patogenów jest skomplikowane, gdyż dzięki ewolucji przystosowują się, zmieniając swoje zachowanie i metabolizm.